Antigament, només se celebraven els Jocs Olímpics, però els petits països d’Europa en veure que tenien moltes dificultats per a poder-hi participar i encara moltes més per guanyar alguna medalla, es van plantejar la idea de crear uns Jocs a la seva mida. Tot va començar a agafar forma en el Congrés Olímpic de Baden-Baden de l’any 1981, lloc on es van reunir per primera vegada els vuit comitès olímpics per intercanviar impressions. Tot això va tenir els seus fruits quan l’any 1984, amb la celebració dels Jocs Olímpics de Los Angeles, es va acceptar la creació dels anomenats Jocs dels Petits Estats d’Europa, que es van dotar de les normatives i reglamentacions de les federacions internacionals i la Carta Olímpica i van ser apadrinats pels Comitès Olímpics Europeus.
Es van posar una sèrie de condicions perquè els petits països hi poguessin participar, que eren:
– Ser un país d’Europa amb una població inferior a un milió d’habitants.
– Ser un país que tingués un comitè olímpic autònom.
– Ser un país que formés part del Comitè Internacional Olímpic.
Aquestes condicions les complien vuit petits Estats que eren: Andorra, Islàndia, Liechtenstein, Luxemburg, Malta, Mònaco, San Marino i Xipre.
Els primers Jocs dels Petits Estats d’Europa es van celebrar a San Marino l’any 1985 i des d’aleshores s’han desenvolupat cada dos anys en un país diferent: Mònaco (1987), Xipre (1989), Andorra (1991), Malta (1993), Luxemburg (1995), Islàndia (1997) i Liechtenstein (1999). A partir de l’any 2001 es va començar la segona volta, ja que cada país havia organitzat una vegada els Jocs. Fins ara s’han celebrat els Jocs de San Marino (2001), Malta (2003), Andorra (2005), Mònaco (2007), Xipre (2009), Liechtenstein (2011), Luxemburg (2013), Islàndia (2015) i, de nou San Marino, iniciant la tercera rotació de seus. Montenegro ha acollit per primera vegada l’organització dels jocs l’any 2019 i posteriorment Malta agafarà el relleu (2023) degut a l’anul.lació dels JPEE d’Andorra 2021 per la COVID-19.
Durant aquests anys s’han organitzat competicions de diferents esports, encara que no tots s’han practicat en totes les edicions. Els Jocs han vist competir esportistes en: atletisme, basquetbol, ciclisme, ciclisme de muntanya, esquaix, gimnàstica, halterofília, judo, natació, petanca, taekwondo, tennis, tennis taula, tir (al plat i de precisió), vela, voleibol i vòlei platja.